一般情况下，环境管理体系认证审核分两个阶段进行，只有特小型组织，可不进行第一阶段审核而直接进行第二阶段审核，在这里我们只对一般情况进行探讨。
一、审核的目的和任务
第一阶段的审核组长应首先对组织的一半管理体系文件进行审核，审查的内容包括手册、程序文件，以确定组织是否具备了接受审核的条件。
第一阶段审核主要有三个目的：
1、确定第二阶段审核的可行性和条件；
2、确定第二阶段审核的重点和方法；
3、确认审核范围；
4、确定第二阶段的审核时间。
第二阶段审核主要目的：
1、验证组织是否已实施了其环境方针、目标、指标并遵守了相应的程序；
2、组织的EMS是否符合标准要求，并能够实现组织的环境方针和目标。
二、审核的内容
第一阶段审核的内容：
1、了解组织的基本情况，如组织机构、产品、活动和服务的特点，过程及方式，现场分布情况，重要环境岗位情况；
2、 结合现场情况对有关体系文件进行补充审核；
3、 通过收集有关环境方针、目标、指标、管理方案及环境因素、相关的法律法规的情况，判断其体系策划的合理性；
4、 收集并评审组织的内审信息，确认组织内审的可信度；
5、 对组织别及评价环境因素程序进行评价；
6、 对组织收集的法律法规的情况进行评价；
7、 冥管理评审记录，证实管理评审已完成；
8、 组织对盯关方建立了联络渠道及形成文件；
9、 了解法规的遵守情况（是否在近期受到过行政处罚）。
第一阶段的审核重点在于组织环境管理体系策划的合理性和有效性以及自我完善和保障机制是否已经建立。
第二阶段审核的内容：第二阶段审核作为认证审核的重点，要对全部要素进行充分性、有效性和适宜性的全面审核。
1、各级管理者（包括重要环境岗位）在环境管理体系中的职责是否已落实，并具备履行职责的能力；
2、环境因素识别、评价、更新程序是否已实施，是否有重要环境因素遗漏；
3、目标、指标、方案的实施情况；
4、多个管理程序实施情况；
5、多项运行程序的实施及重要环境因素的控制；
6、监测及内审程序的实施情况、管理评审的有效性；
7、实施EMS的环境绩效。
三、审核的方法
两个阶段审核作为一个完整的认证审核，应确保覆盖组织所有的部门、场所和环境管理活动，第一阶段应覆盖组织的主职部门和主要经营场所或现场，第二阶段审核应覆盖组织所有的部门和经营场所，对于多现场情况，可以在同样条件下，进行抽样，但对生产不同产品或处于不同阶段的现场，不能抽样。
四、审核的结论
第一阶段审核应出具现场审核报告，但不作现场结论，报千内容应包括：
1、 文件的合理性；
2、 法规的遵守情况；
3、 环境因素褒别和评价情况；
4、 内审的可信程度；
5、 管理评审的效果；
6、 组织的主要现场；
7、 第二阶段审核时注意的主要问题；
8、 第二阶段审核的时间建议等。
现场发现的问题以《不符合事实汇总表》形式交组织进行整改。
第二阶段审核应出具审核报告，报告应对组织环境管理体系的符合性、有效性、充分性做出评价，并宣布现场审核推荐结论，审核结论由审核组讨论由审核组讨论后，由组长做出，现场发现的问题以不符合报告形式提出，要求组织整改，由组长确认后，交中心。
