1. 与程序文件的关系。认证机构依据ISO9001标准编制的认证质量管理体系程序文件是对认证流程中不同过程规定职责、资源、活动的输入、输出和要求，是适用所有管理体系认证制定的通用的管理要求，包括了申请受理和评审，初次认证的一阶段和二阶段审核，监督审核，再认证审核，特殊审核，结合审核，认证决定等程序，对审核方案具有指导作用，是审核方案编制的依据之一。而审核方案针对不同客户的具体审核项目制定的实施审核的具体安排，相当于认证行业的质量计划，是认证程序的具体细化和展开，是对具体审核项目的策划，是实施审核的指导性文件，也是认证决定的依据之一，审核方案可以引用程序文件，每一个认证项目都应当有一个审核方案。
2. 与专业审核作用指导书的关系。专业审核作用指导书是针对不同的管理体系的不同技术领域，结合不同管理体系标准要求、行业应当遵守的法律法规和其他要求、行业的工艺流程、产品特点、关键和特殊过程、重要环境因素、不可接受的风险制定的具体的认证审核的技术性文件，它要求重点明确在特定技术领域针对标准中不同的条款规定审核的方法、思路和重点关注点，是不同技术领域审核的通用要求，是审核方案编制的依据之一。而审核方案是针对具体组织的具体技术领域内的审核活动安排，可能引用专业审核作业指导书，但不一定要求在方案中说明具体条款的审核要求。

审核方案与审核计划的关系

审核方案由认证机构的审核方案管理人员制定，是审核计划的具体指导文件。审核计划是审核组长依据审核任务书、组织的管理体系文件、申请评审确定的认证范围、审核方案制定的具体的第一次审核的工作计划，他要求审核组长按照审核方案的要求合理安排审核资源，有效利用审核时间，全面部署一次审核的活动。审核方案由认证机构批准，审核计划需要在审核实施前得到受审核组织的认可和确认。审核计划必须满足审核方案的要求，同时审核计划的实施可反过来用于审核方案的完善。